Actualmente, se llevan a cabo en México, América Central y Cuba, 4 ejes de investigación, en el marco de 25 convenios de investigación.
Biotecnologías aplicadas al medio ambiente y a la producción agrícola
Gestión sostenible de cuencas y ecosistemas costeros
Salud pública y preventiva
Globalización (migraciones, intercambios y difusión del conocimiento), desarrollo local y sostenible
Alrededor de 30 programas específicos de investigación, financiados conjuntamente por el IRD y sus contrapartes en México, se benefician según el caso, del apoyo del CONACYT, la ANR, la Unión Europea, organismos internacionales y/o de empresas privadas.
Las temáticas estudiadas corresponden a prioridades establecidas por el IRD y sus contrapartes en la región.
Desde 2009, la Representación del IRD en México amplió su campo de acción a América Central y Cuba, con el fin de apoyar las acciones de cooperación Sur-Sur aún en gestación.